Glavni napad počeo je 20. rujna, a malobrojni i slabo naoružani branitelji pružali su žestok otpor. Selo je branilo tristotinjak mještana, tridesetak policajaca iz Slavonskog Broda i Varaždina i skupina pripadnika 1. A brigade Zbora narodne garde koja se ondje zadržala na putu za Ilok. U početku su odolijevali napadima, te su uspjeli i zarobiti dva tenka JNA. Na blagdan svetog Mateja, zaštitnika tovarničke župe, 21. rujna, obrana je odolijevala napadima. Tog dana osobito se na meti našao crkveni zvonik Ipak, obrana sela slomljena je trećeg dana kada se u napad uključila 252. oklopna brigada JNA iz Kraljeva. Prvi napad uspješno je odbijen no drugi, koji je uslijedio u popodnevnim satima bio je prejak.
Tijekom noći s 22. na 23. rujna JNA i pobunjeni Srbi okupirali su selo. Obrana sela sa stanovništvom se manjim dijelom probila prema Nijemcima, a većina prema Iloku. U danima koji su uslijedili ubijeno je više desetaka Hrvata, mnogi su odvedeni u logore u Vojvodinu, a starci koji su ostali na svojim ognjištima trpjeli su stalna maltretiranja.
Nakon povratka iz progonstva, 1997. godine, iz masovne grobnice ekshumirane su 53 tovarničke žrtve među kojima je bio i mučenik velečasni Ivan Burik, tovarnički župnik. Ostale žrtve su ekshumirane iz sekundarnih grobnica i zajednički ispraćene na posljednje počivalište na groblju u Tovarniku 31. siječnja 1998. godine koji se pamti kao “Dan kada je Tovarnik plakao”.
Vijeće za ratne zločine Županijskog suda u Vukovaru 2012. je objavilo prvostupanjsku nepravomoćnu presudu, kojom su odgovorni za počinjenje ratnog zločina 1991. godine u Tovarniku osuđeni ukupno na 42 godine zatvora, Ipak, i ta sramotno mala kazna, u veljači 2016. je nakon žalbe državnog odvjetnika ukinuta te je predmet poslan na ponovno suđenje tako da za zločine u Tovarniku još nitko nije kazneno odgovarao.
