Dana 13. svibnja 1981. na blagdan Gospe Fatimske, Ivan Pavao II. vozio se u otvorenom papamobilu i rukovao se s brojnim vjernicima. Bilo je 17 sati i 17 minuta prije opće audijencije srijedom…
Turčin Mehmet Ali Ağca pucao je pištoljem iz blizine i ranio papu u trbuh, kažiprst i desni lakat.
Ali Ağca je pripadao turskoj ekstremističkoj organizaciji Sivi vukovi. Papa je prebačen u kliniku Gemelli, a na putu do nje, bio je pri svijesti. Po dolasku u kliniku izgubio je svijest. Operacija je trajala oko pet sati. Papa je preživio atentat, ali je kasnije imao ozbiljne zdravstvene posljedice.
Ali Ağca osuđen je u Italiji na doživotni zatvor. Pomilovao ga je talijanski predsjednik Carlo Azeglio Ciampi 2000., pa je nastavio je služiti zatvorsku kaznu u Turskoj do siječnja 2010., jer je prije atentata na papu ubio vlasnika novinske kuće. Papa je posjetio Alija Ağcu u zatvoru 1983. i sve mu oprostio.
Razgovarali su tiho pa se ne zna sadržaj razgovora. On je do danas ostao tajna i njegovom sadržaju se samo nagađalo.
Papa je atentat povezao s Gospinim ukazanjem u Fatimi 1917. U trećoj fatimskoj tajni, govori se o stradanju čovjeka u bijelom, a atentat se dogodio baš na dan Gospe Fatimske, 13. svibnja.
Godinu dana nakon atentata, papa je posjetio svetište Gospe u Fatimi u Portugalu. U Gospinu krunu stavio je jedan od metaka, kojeg su liječnici izvadili tijekom operacije.
„Jedna je ruka ispalila metak, a druga ga je vodila“, izjavio je Ivan Pavao II. uvjeren kako je Gospa Fatimska bdjela nad njegovim životom.
Ali Ağca je pobjegao iz turskog zatvora četiri dana prije dolaska Ivana Pavla II. u Tursku (28.-30. studenoga 1979.) i najavio pismom da će ubiti čelnika kršćana.
Tada nije uspio u nakani, ali je zatim planirao pucati na Papu u Rimu. No, i 30 godina od tog atentata još nije poznata njegova pozadina, odnosno je li netko naručio ubojstvo Wojtyłe ili je napad na nj bio čin jedne mentalno poremećene osobe.
Ovaj događaj neosporno pokazuje kako je njegov život bio vezan za Isusovu majku Mariju, što je isticao i u svom papinskom geslu: Sav tvoj, o Marijo! Kao što je Isusova majka spasila ljudski rod od grijeha rodivši Sina Božjega Isusa, tako je i Gospa Fatimska odvratila metak od srca voljenog pape i dala mu znak kao i cijelom čovječanstvu da je on „oruđe izabrano“ da pronese radosnu vijest da je novi život darovan među sve narode na svojim pastirskim putovanjima. Zato je on i postao „apostol života“ od začeća pa do prirodne smrti.
Mehmet Ali Ağca izvršio je na papu atentat na Trgu sv. Petra u Vatikanu. Papa mu je oprostio, a i posjetio u zatvoru, te se kasnije našao i s njegovom majkom i bratom.
