Zajednička operacija HV-a, HOS-a i HVO-a nazvana Lipanjske zore započela je 7. lipnja 1992. godine, a završila je 26.lipnja zauzmimanjem je doline rijeke Neretve, a na nekim mjestima (poput Ošanjića kod Stoca) združene hrvatske snage su izbile na današnju crtu razgraničenja između Federacije Bosne i Hercegovine i Republike Srpske. Cilj akcije, koja se kolokvijalno naziva i Operacija Čagalj, bio je oslobođenje doline Neretve sve do Mostara. Naime, srpski agresori su do tog vremena porušili veči dio Mostara, a cijeli istočni dio grada bio je okupiran, te je odlučeno da se krene u hitnu akciju.
Dana 7. svibnja 1991. godine JNA je uputila tenkovske snage u pravcu Mostar – Široki Brijeg – Posušje – Tomislavgrad – Kupres pod izlikom vojne vježbe. Istog dana, tenkovi su zaustavljeni u mjestu Polog, na granici mostarske i širokobriješke općine. Na zahtjev Generalštaba JNA i generala Blagoja Adžića u dotad posve nepoznato selo Polog stižu predstavnici bosanskohercegovačkih vlasti na čelu s predsjednikom predsjedništva Izetbegovićem i Kljujićem te pokušavaju nagovoriti okupljene Hrvate da se raziđu i tako omoguće daljnje kretanje tenkovske kolone. Međutim, okupljeno mnoštvo popustilo je tek nakon molbe hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana i propustilo kolonu 9. svibnja 1991. godine.
Plan velikosrpskog agresora bilo je blokiranje zapadne i južne Hercegovine, odsijecanje Dalmacije, stvaranje preduvjeta za uvođenje snaga JNA iz pravca Banja Luka – Donji Vakuf – Kupres – Mrkonjić Grad – Drvar – Livno i produžiti s daljnjim borbenim djelovanjima u cilju presijecanja Dalmacije na tri djela. Istovremeno su tenkovske snage poslane u pravcu Čapljine, a ostale snage su bile planirane u pravcu Mostar – Bijelo Polje – Sarajevo.
Odlučeno je da će operacijom zapovijedati general Janko Bobetko (zapovijednik južnog bojišta) i Jasmin Jagnjac (zapovjednik Općinskog stožera HVO-a Mostar).
Dana 7. lipnja 1992. godine pod zapovjedništvom generala Janka Bobetka, zapovjednika Južnog bojišta i zapovjednika Općinskog stožera HVO-a Mostar pukovnika Jasmina Jaganjca, počela je operacija Čagalj. U ovoj akciji je diverzantski vod bojne Grude i diverzantski vod bojne Čitluk probio neprijateljske bunkere u Ševaš Polju i potisnuo agresora prema Gubavici i Domanovićima.Akcija je potpomognuta postrojbama brigada Knez Domagoj Čapljina, pukovnija Kralj Tomislav, 7. bojna, 8. bojna i 9. bojna Općinskog stožera HVO-a Mostar, bojna Stolac, bojna Neum, satnija Ravno, bojna Ljubuški, bojna Čitluk i bojna Imotski.
Ukupno tijekom prvih dva dana poginulo je 10 pripadnika HV-a. Gubitci protivnika nisu poznati. 8. lipnja 1992. od srpskog je agresora oslobođeno područje Čapljine u čemu posebnu zaslugu imaju postrojbe HVO-a iz Čitluka, Gruda, Ljubuškog i Čapljine te vojnici 4. gardijske brigade HV-a i 156. brigade HV-a.
Oslobađanje desne obale rijeke Neretve kreće 11. lipnja 1992. godine. HVO potpomognut 4. Splitskom brigadom HV-a kreće iz šest pravaca, a od postrojbi HVO-a u akciji sudjeluju Kažnjenička bojna, Poskok bojna, dvije postrojbe HVO-a iz Čitluka i Ljubuškog, 5. ilićka bojna HVO-a Mostar, 4. bojna HVO-a Mostar, te satnija 2. bojne rudničke HVO-a Mostar te pripadnici civilne i vojne policije. U Mostaru su u to vrijeme bile Vojna policija, civilna policija, dio 2. bojne HVO-a Mostar i Samostalni mostarski bataljun. Prvo je oslobođeno područje Kruševa i brda Orlovac, a zatim brdo Hum i zapadni dio grada Mostara.
Podizanje hrvatske trobojnice na vrhu Huma, kao bitne kote za nadzor Mostara, navjestilo je oslobađanje i istočnog dijela grada Mostara. Toga 11. lipnja hrvatske su snage ušle u Vojarnu “Stanislav Baja Kraljević” i naselja Rodoč i Jasenica te u krug razorene tvornice Aluminij svladavši žilav neprijateljski otpor. U tim borbama, uništena su dva tenka JNA T-34, koja su se nalazila na brdu iznad Jasenice. U samo jednom danu oslobođena je čitava desna obala rijeke Neretve. Tijekom 12. i 13. lipnja oslobođeno je područje Stoca, a 5 dana kasnije hrvatske snage su izbile na Ošanjiće, današnju međuentitetsku granicu.
U noći s 13. na 14. lipnja 1992. godine general Slobodan Praljak donosi odluku da se krene u oslobađanje lijeve obale rijeke Neretve. U Općinskom stožeru HVO-a u Mostaru zapovjednici postrojbi dobivaju zapovijedi prema kojima Neretvu treba početi prelaziti rano ujutro 14. lipnja i tako iznenaditi srpsko-crnogorskog agresora. Plan je bio, u tri sata ujutro započeti prelazak preko Neretve. Vojnici su morali čamcima prijeći Neretvu u samom gradu Mostaru na tri mjesta, a jedan dio je trebao prijeći preko tada još uvjetnog Starog mosta. Prijelaz Neretve s čamcima bio je na Buni.
Uz tenkovsku potporu Četvrte gardijske brigade HV-a iz Splita i topničku potporu Širokobrijeških slavuja, združene snage Izdvojenog zapovjednog mjesta Vrdi i Raška Gora pod zapovjedništvom legendarnog pukovnika Tvrtka Miloša i zapovjednika 3. bojne cimske Ilije Vrljića te postrojbe 1. bojne bjelopoljske i 5. bojne ilićke Općinskog stožera Hrvatskog vijeća obrane Mostar i Specijalne policije Policijske stanice Mostar prelaze na lijevu obalu te nakon žestokog okršaja kod Samostana školskih sestara franjevaka, počinju oslobađati prostor od Jasenjana do Vrapčića.
Tom odlučnom akcijom dijelom su spriječeni napadi srpskog agresora na Južnu Dalmaciju, a u potpunosti na Srednju Dalmaciju što je u potpunosti spasilo Dalmaciju od katastrofe. Lipanjske zore su ujedno i prvi poraz JNA u ratu u Bosni i Hercegovini. Veličina pobjede je još veća jer je na području koje je oslobođeno bila iznimno velika koncentracija postrojbi JNA, njihovog naoružanja i objekata.
U vojnom smislu, taktički poduzete radnje mogu biti predmetom izučavanja za neke buduće ratove. Te radnje se ne mogu podvesti ni pod jedne metode dotad poznatih doktrina ratovanja. Drugim riječima kazano, veliki dio je bila improvizacija, a aktivnih vojnih osoba s praktičnim znanjem bilo jako malo. Osobito uspješan i poseban dio akcije je oslobođenje dijela Bijelog Polja (naselja: Potoci, Željuša, Salakovac, Kutilivač, Podgorani, Humilišani, Prigrađani). Veliki značaj u operaciji je imala izrazita usklađenost rada i međusobna potpora vojnih jedinica: HVO-a, HOS-a, HV-a i policije te samog pučanstva.
Operacija je uspješno završena 26. lipnja oslobođenjem doline Neretve, pri čemu je pod kontrolu vraćeno 1.800 četvornih kilometara teritorija. Bila je to prva pobjeda nad srpskim agresorima u BiH te se smatra kao prekretnica u ratu u Bosni i Hercegovini. Također, većina vojnih analitičara smatra da je oslobađanjem doline Neretve spašena i južna Dalmacija.
U operaciji Lipanjske zore sudjelovalo je više od 6.000 hrvatskih vojnika.
Sudjelovali su pripadnici HV-a, HVO-a i HOS-a kao i postrojbe policije iz općina Mostar, Čapljina i Stolac te jedna bošnjačka dobrovoljačka jedinica.