Đukić je od sredine srpnja 2015. godine do ožujka 2016. proveo u ekstradicijskom pritvoru, kada je izručen Hrvatskoj. Na optužnici se našao s Ratkom Mladićem, pokojnim Milom Novakovićem i Milanom Koricom, a s obzirom da su oni bili nedostupnim hrvatskom pravosuđu postupak Đukić je razdvojen. U prvoj presudi Županijskog suda Split od 23. studenoga 2018. godine bio je osuđen na devet godina zatvora zbog zapovijedanja aktiviranja eksploziva kojim je urušena i oštećena brana Peruća.
Vrhovni je sud prihvatio žalbu njegovog odvjetnika koji je tada naveo da je bitno povrijeđen kazneni postupak, kao i da su izostale odlučne činjenice, te da ni jedan dokaz koji je teretio okrivljenika nije izveden.
U drugom suđenju kojim je predsjedao sudac Dinko Mešin osuđen je da je kao zapovjednik tzv. 221. motorizirane brigade Kninskog korpusa tzv. Vojske SAO Krajine postupao suprotno Ženevskoj konvenciji i organizirao rušenje brane HE Peruća s ciljem potpunog potapanja gradova Sinja, Omiša i Trilja pri čemu bi smrtno stradalo 50 tisuća ljudi i njihova imovina.
Tijekom sudskog postupka je dokazano kako je naredio da se u temelje brane na četiri mjesta postavi 20 do 30 tona TNT eksploziva. Đukić je u ponovljenom postupku tvrdio kako je nevin, da nije počinio kazneno djelo koje mu se stavljalo na teret, dok je sudac Mešin prilikom izricanja desetogodišnje kazne kao olakotnu okolnost Đukiću uzeo u obzir njegovu dob, bolest supruge i kćeri.
Otegotne okolnosti su da se nije radilo o bilo kakvom objektu, jer u slučaju uspješnog rušenja HE Peruće posljedicu bi bile katastrofalne, s obzirom da bi gotovo cijela Dalmacija bila poplavljena.
